De schoolleiding van het Elzendaalcollege bestaat uit een waarnemend rector, locatiedirecteur en vijf teamleiders. De waarnemend rector is de eindverantwoordelijke schoolleider voor beide vestigingen. De locatiedirecteur is verantwoordelijk voor de aansturing van de vestiging in Gennep. Zij zorgen ervoor dat de ontwikkelingen in de onderwijskundige sectoren binnen de beide vestigingen op elkaar zijn afgestemd.
De teamleiders zijn ieder verantwoordelijk voor een team. De conrector bedrijf is verantwoordelijk voor de aansturing van de bedrijfsmatige onderdelen van de school, die het onderwijs ondersteunen.
